More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0634 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  100 
 
 		 324 aa  640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  59.26 
 
 		 327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  60.93 
 
 		 320 aa  301  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  54.9 
 
 		 320 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  46.21 
 
 		 315 aa  258  9e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  49.48 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  53.5 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  47.02 
 
 		 304 aa  236  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  47.1 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 346 aa  192  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  39.59 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  39.33 
 
 		 337 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  41.64 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  39.48 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  40.33 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  40 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 361 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 363 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  37.99 
 
 		 594 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  37.37 
 
 		 597 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 334 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  35 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4045  inner-membrane translocator  48.04 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0860  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 324 aa  159  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.18038  normal  0.215748 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 652 aa  159  9e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 358 aa  159  9e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  41.37 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 337 aa  145  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 337 aa  145  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 339 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 334 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 337 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.35 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  35.97 
 
 		 838 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 320 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.95 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  30.85 
 
 		 344 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  37.32 
 
 		 341 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.38 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 372 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.1 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0666  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  31.27 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  33.33 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>