More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0183 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0173  inner-membrane translocator  71.84 
 
 		 635 aa  769    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0422307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  100 
 
 		 642 aa  1244    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  64.79 
 
 		 633 aa  749    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  78.48 
 
 		 632 aa  853    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  66.18 
 
 		 646 aa  739    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0859  inner-membrane translocator  76.57 
 
 		 629 aa  777    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0155  inner-membrane translocator  71.43 
 
 		 655 aa  765    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 646 aa  744    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  55.57 
 
 		 637 aa  621  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  55.25 
 
 		 630 aa  614  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  54.05 
 
 		 628 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  54.84 
 
 		 628 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1977  inner-membrane translocator  53.91 
 
 		 626 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0584  inner-membrane translocator  54.82 
 
 		 613 aa  479  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.625482  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  44.57 
 
 		 622 aa  385  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3084  inner-membrane translocator  43.67 
 
 		 623 aa  385  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00985997  normal  0.0142053 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 652 aa  306  7e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.42 
 
 		 656 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  42.68 
 
 		 320 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  41.31 
 
 		 297 aa  189  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 286 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 292 aa  184  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 286 aa  180  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 603 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.58 
 
 		 603 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  39.25 
 
 		 330 aa  178  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 603 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 603 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 320 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 603 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  40.67 
 
 		 299 aa  173  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 306 aa  172  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 306 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.9 
 
 		 607 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 305 aa  171  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  40.73 
 
 		 286 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 358 aa  168  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 289 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  165  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 342 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 308 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40 
 
 		 286 aa  164  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.6 
 
 		 290 aa  164  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 287 aa  162  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 315 aa  162  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 285 aa  161  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 293 aa  160  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.04 
 
 		 285 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 318 aa  158  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3321  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 293 aa  158  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 288 aa  158  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 337 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 337 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 305 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 287 aa  157  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.13 
 
 		 295 aa  157  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39 
 
 		 295 aa  156  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40 
 
 		 286 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40 
 
 		 286 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 330 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 290 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 293 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  39 
 
 		 286 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 315 aa  155  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 286 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 290 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 340 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 300 aa  154  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 333 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 293 aa  154  7e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 287 aa  154  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 306 aa  153  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 313 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 337 aa  152  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 315 aa  152  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 286 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 338 aa  151  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 290 aa  151  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  38.66 
 
 		 315 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 289 aa  150  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.01 
 
 		 838 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 287 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 313 aa  149  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.03 
 
 		 298 aa  148  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  37 
 
 		 293 aa  148  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 317 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 288 aa  147  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 340 aa  147  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 311 aa  147  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 323 aa  147  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 295 aa  147  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  33.62 
 
 		 351 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 344 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 286 aa  146  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>