More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0734 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  100 
 
 		 286 aa  553  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  92.31 
 
 		 286 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  57.86 
 
 		 287 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  57.3 
 
 		 287 aa  318  7.999999999999999e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  56.94 
 
 		 287 aa  318  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  55.21 
 
 		 293 aa  317  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 290 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  56.79 
 
 		 290 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  56.23 
 
 		 287 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  54.17 
 
 		 315 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  57.65 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  52.78 
 
 		 293 aa  305  6e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  56.94 
 
 		 288 aa  301  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  53.55 
 
 		 290 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  57.09 
 
 		 288 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  55.32 
 
 		 290 aa  291  8e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  54.48 
 
 		 288 aa  290  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  57.3 
 
 		 288 aa  287  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  50 
 
 		 306 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  44.33 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  48.49 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  48.67 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  47.22 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  46.36 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  44.63 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  50.5 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  47.12 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  44.11 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  46.26 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  44.79 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.33 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  48.85 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  46 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  46.94 
 
 		 329 aa  205  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  44 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  42.6 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  43.29 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 628 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.86 
 
 		 286 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  41.24 
 
 		 289 aa  188  9e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 652 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.91 
 
 		 286 aa  178  8e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.81 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.27 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  38.27 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.27 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.91 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  40.42 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1977  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 626 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.08 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.08 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  38.64 
 
 		 628 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 282 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>