More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1227 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  561  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  90.62 
 
 		 288 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  76.11 
 
 		 293 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  74.74 
 
 		 315 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  75.43 
 
 		 293 aa  434  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  74.04 
 
 		 290 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  72.28 
 
 		 290 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  66.08 
 
 		 287 aa  384  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  66.08 
 
 		 287 aa  384  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  65.73 
 
 		 287 aa  384  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  65.03 
 
 		 287 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 288 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  70.14 
 
 		 288 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  67.71 
 
 		 288 aa  360  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  62.24 
 
 		 313 aa  347  1e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  58.1 
 
 		 290 aa  331  8e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 290 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  56.27 
 
 		 286 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 286 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  46.82 
 
 		 308 aa  244  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  50 
 
 		 305 aa  241  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  47.77 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  49.5 
 
 		 306 aa  231  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  46.33 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  48.82 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  48.16 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  43.92 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  48.28 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  48.48 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  42.6 
 
 		 286 aa  215  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  46.96 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 306 aa  201  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 306 aa  201  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  47.14 
 
 		 329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.57 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 286 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.05 
 
 		 286 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  47.32 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  42.03 
 
 		 283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.1 
 
 		 285 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  43.38 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  42.65 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  43.16 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  43.96 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.96 
 
 		 286 aa  176  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 288 aa  175  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.96 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.96 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.96 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.59 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 282 aa  169  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.1 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.16 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 628 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.89 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 286 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  38.76 
 
 		 323 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  42.13 
 
 		 330 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  42.13 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  40.96 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>