More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5096 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  100 
 
 
303 aa  571  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  74.5 
 
 
306 aa  361  9e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  76.67 
 
 
305 aa  349  4e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  59.2 
 
 
306 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  60.47 
 
 
306 aa  323  2e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  57.76 
 
 
305 aa  319  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  58.75 
 
 
306 aa  318  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  57.04 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  59.06 
 
 
306 aa  298  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  55.48 
 
 
306 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  53.82 
 
 
305 aa  289  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  55.7 
 
 
305 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  58.39 
 
 
304 aa  286  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  51.68 
 
 
308 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  54.98 
 
 
306 aa  285  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  58.72 
 
 
306 aa  278  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  54.33 
 
 
308 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  54.18 
 
 
306 aa  268  8.999999999999999e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  56.67 
 
 
329 aa  265  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  60.47 
 
 
304 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  52.98 
 
 
306 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  47.62 
 
 
287 aa  248  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  46.94 
 
 
287 aa  247  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  47.28 
 
 
287 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  47.84 
 
 
293 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  48.15 
 
 
290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  47.81 
 
 
290 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  49.83 
 
 
306 aa  242  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  47.84 
 
 
315 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  47.84 
 
 
293 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  52.04 
 
 
288 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  55.3 
 
 
305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  46.96 
 
 
288 aa  238  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  45.24 
 
 
287 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  48.14 
 
 
286 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  47.12 
 
 
286 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  48.64 
 
 
288 aa  236  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  49.66 
 
 
290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  48.32 
 
 
290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  48.31 
 
 
288 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  52.73 
 
 
288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  45.92 
 
 
313 aa  221  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  44.44 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  46.03 
 
 
306 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  44.41 
 
 
286 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.06 
 
 
290 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  40.21 
 
 
289 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  41.39 
 
 
299 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  43.24 
 
 
286 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  39.66 
 
 
285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  40.2 
 
 
336 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  40.34 
 
 
286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  42.05 
 
 
296 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  42.05 
 
 
296 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.38 
 
 
652 aa  179  4.999999999999999e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  41.95 
 
 
286 aa  178  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.07 
 
 
286 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  40.6 
 
 
286 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  42.38 
 
 
296 aa  175  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  41.58 
 
 
628 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  40 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  42.91 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  40.2 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  42.91 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.73 
 
 
311 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  41.72 
 
 
296 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  41.06 
 
 
296 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.64 
 
 
291 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  36.91 
 
 
317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  42.28 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  35.22 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  36.14 
 
 
317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  39.67 
 
 
527 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.69 
 
 
286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6574  inner-membrane translocator  41.69 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0310358  normal  0.0403201 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  38.85 
 
 
291 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  41.3 
 
 
291 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  35.03 
 
 
288 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  39.54 
 
 
311 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.49 
 
 
286 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  34.69 
 
 
288 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  35.67 
 
 
315 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.54 
 
 
283 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  34.6 
 
 
315 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5727  inner-membrane translocator  42.37 
 
 
308 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6091  inner-membrane translocator  42.37 
 
 
308 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.754809  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  36.72 
 
 
524 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  38.18 
 
 
300 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  41.06 
 
 
308 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2529  inner-membrane translocator  34.76 
 
 
345 aa  157  2e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.658317  normal  0.422906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  36.72 
 
 
524 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 
329 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  33.54 
 
 
315 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  36.93 
 
 
323 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  33.86 
 
 
315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  38.93 
 
 
291 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  34.97 
 
 
315 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>