More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2236 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  74.5 
 
 		 303 aa  368  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  79.87 
 
 		 305 aa  362  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  55.45 
 
 		 305 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  58.03 
 
 		 306 aa  307  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  55.18 
 
 		 306 aa  305  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  54.75 
 
 		 305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  61.74 
 
 		 304 aa  299  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  59.47 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  55.48 
 
 		 304 aa  295  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  55.96 
 
 		 306 aa  295  9e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  55.67 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  52.49 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  54.61 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  53.77 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  53.95 
 
 		 306 aa  272  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  57.09 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  50.5 
 
 		 286 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.94 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  46.94 
 
 		 287 aa  248  8e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  47.28 
 
 		 287 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  49 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  46.26 
 
 		 287 aa  245  8e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  46.8 
 
 		 290 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  51.63 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  55.59 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  45.79 
 
 		 290 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  45.58 
 
 		 287 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 315 aa  241  7.999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 288 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  45.63 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  48.34 
 
 		 306 aa  235  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  46.49 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  48.64 
 
 		 288 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  45.92 
 
 		 288 aa  228  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 313 aa  221  9e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  47.54 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  43.96 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  45.39 
 
 		 288 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  43.67 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 299 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.98 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  41.41 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  43.33 
 
 		 286 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  37.74 
 
 		 336 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  42 
 
 		 286 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.09 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 652 aa  175  7e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  41.47 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  41.47 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  43.46 
 
 		 642 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  40 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  40.53 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  41.14 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.42 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.42 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.42 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.42 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 283 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  43.48 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.07 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  41 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  40.67 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 		 311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 628 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  42.33 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  42.33 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 291 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 289 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  38.89 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.26 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  43.9 
 
 		 633 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.21 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  44.49 
 
 		 646 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  39.33 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>