More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1580 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  96.53 
 
 		 288 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  94.1 
 
 		 288 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  89.12 
 
 		 289 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  68.17 
 
 		 290 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 290 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  66.78 
 
 		 290 aa  350  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  66.9 
 
 		 290 aa  348  5e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  65.4 
 
 		 311 aa  335  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  56.6 
 
 		 289 aa  285  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  56.25 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  57.64 
 
 		 289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  56.84 
 
 		 287 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  57.65 
 
 		 288 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  55.51 
 
 		 274 aa  235  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  45.77 
 
 		 290 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.94 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  46.32 
 
 		 288 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  43.31 
 
 		 287 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 289 aa  208  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  45.61 
 
 		 289 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  44.91 
 
 		 287 aa  204  9e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 286 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  41.05 
 
 		 285 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 287 aa  168  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 287 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  36 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.69 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.04 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 288 aa  142  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  35.69 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.89 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.59 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  32.27 
 
 		 313 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  33.57 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.33 
 
 		 558 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 628 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>