More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2390 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  100 
 
 		 315 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  84.76 
 
 		 329 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  78.66 
 
 		 317 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  79.3 
 
 		 317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  79.3 
 
 		 317 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  73.65 
 
 		 315 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  73.25 
 
 		 330 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  73.25 
 
 		 330 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  78.66 
 
 		 317 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  72.52 
 
 		 323 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  78.91 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  73.89 
 
 		 342 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  76.92 
 
 		 317 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  72.7 
 
 		 317 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  58.54 
 
 		 317 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 315 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  59.55 
 
 		 315 aa  349  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  58.28 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  57.64 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  58.41 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  66.76 
 
 		 340 aa  335  7e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  60.49 
 
 		 343 aa  313  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.82 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  53.5 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.14 
 
 		 329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  54.14 
 
 		 311 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  54.14 
 
 		 311 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  54.14 
 
 		 311 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.14 
 
 		 311 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  54.14 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  54.14 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  52.87 
 
 		 312 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  52.55 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  51.44 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  56.83 
 
 		 312 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  54.78 
 
 		 313 aa  261  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.04 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 316 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  53.35 
 
 		 311 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 287 aa  186  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 287 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  38.76 
 
 		 288 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 283 aa  179  8e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 315 aa  178  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 290 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.6 
 
 		 290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  40.52 
 
 		 628 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 282 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.06 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 652 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 642 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  42.49 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 286 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 286 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 		 287 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  39.27 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  34.58 
 
 		 628 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 286 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>