More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1850 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  100 
 
 		 343 aa  651    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  60.23 
 
 		 315 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  59.18 
 
 		 323 aa  352  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  61.52 
 
 		 317 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  61.52 
 
 		 317 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  62.1 
 
 		 317 aa  352  7e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  60.82 
 
 		 315 aa  348  8e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  60.06 
 
 		 330 aa  345  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  59.77 
 
 		 330 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  60.64 
 
 		 342 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  62.68 
 
 		 317 aa  335  5.999999999999999e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  62.06 
 
 		 317 aa  328  6e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  69.01 
 
 		 340 aa  328  7e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  60.29 
 
 		 317 aa  316  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  60.53 
 
 		 329 aa  311  9e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  59.65 
 
 		 317 aa  302  5.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  50.44 
 
 		 315 aa  301  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  50.73 
 
 		 315 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  50.29 
 
 		 317 aa  295  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  49.28 
 
 		 315 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  50.44 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  51.31 
 
 		 317 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.64 
 
 		 311 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  53.06 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  53.94 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  53.94 
 
 		 311 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  53.94 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.94 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  53.94 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.94 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  51.74 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  50.73 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  52.19 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  52.19 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  55.52 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  51.72 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 316 aa  249  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.19 
 
 		 311 aa  242  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  52.77 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.25 
 
 		 329 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.69 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.22 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 286 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 652 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 293 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 293 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 304 aa  146  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 296 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.15 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.24 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  32.08 
 
 		 286 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 282 aa  133  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  32.15 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 628 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 289 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  36.28 
 
 		 292 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 286 aa  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  31.59 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.37 
 
 		 286 aa  126  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 		 286 aa  126  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.37 
 
 		 286 aa  126  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 642 aa  126  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>