More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1204 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  100 
 
 		 282 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  84.64 
 
 		 283 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  74.29 
 
 		 283 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 652 aa  186  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 288 aa  182  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 315 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  38.96 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.89 
 
 		 286 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 628 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  43.21 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  41.87 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.77 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.77 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.86 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  39.72 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  39.52 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  40.59 
 
 		 311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  39.68 
 
 		 315 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 295 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 315 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 306 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 306 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 287 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 288 aa  155  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  36.49 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.93 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.41 
 
 		 311 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 295 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  37.89 
 
 		 628 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  35.62 
 
 		 336 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 286 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.79 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>