More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4565 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  100 
 
 		 315 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  92.38 
 
 		 315 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  92.7 
 
 		 315 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  90.48 
 
 		 315 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  76.27 
 
 		 317 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  75.63 
 
 		 317 aa  454  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  61.59 
 
 		 323 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  62.46 
 
 		 315 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  61.64 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  61.32 
 
 		 330 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  61.39 
 
 		 342 aa  345  8e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 315 aa  339  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  58.92 
 
 		 317 aa  324  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  58.92 
 
 		 317 aa  324  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  57.96 
 
 		 317 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  56.65 
 
 		 317 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  57.73 
 
 		 329 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  57.32 
 
 		 317 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  57.37 
 
 		 317 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  57.1 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.42 
 
 		 311 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  53.1 
 
 		 340 aa  266  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  49.84 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  49.54 
 
 		 343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.52 
 
 		 329 aa  252  6e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  49.53 
 
 		 313 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  50.48 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  50.16 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  50 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.47 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  50.16 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  49.68 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  49.68 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  52.87 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  48.88 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  50 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.51 
 
 		 311 aa  225  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.55 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  51.26 
 
 		 316 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 287 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 288 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 306 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.78 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.13 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40.76 
 
 		 286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.41 
 
 		 285 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  35.74 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 628 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 652 aa  149  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  39 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  39.7 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>