More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1579 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  100 
 
 		 315 aa  607  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  96.19 
 
 		 315 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  92.7 
 
 		 315 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  91.75 
 
 		 315 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  75.32 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  74.68 
 
 		 317 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  60 
 
 		 323 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  60.69 
 
 		 330 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  60.38 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  60.88 
 
 		 315 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  59.49 
 
 		 342 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  58.28 
 
 		 315 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 317 aa  323  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 317 aa  323  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  57.64 
 
 		 317 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  58.33 
 
 		 317 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  57.32 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  56.69 
 
 		 317 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  55.7 
 
 		 317 aa  292  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  55.84 
 
 		 317 aa  278  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.47 
 
 		 311 aa  265  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  52.8 
 
 		 340 aa  262  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  50.77 
 
 		 343 aa  258  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  49.2 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  53.82 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  49.22 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  49.36 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  49.84 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  49.84 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.84 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.68 
 
 		 311 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  49.35 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  49.36 
 
 		 311 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  48.71 
 
 		 311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.28 
 
 		 329 aa  238  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  47.92 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  49.04 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.55 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  48.21 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  51.43 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 283 aa  193  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  38.96 
 
 		 282 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 287 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.79 
 
 		 286 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.78 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 290 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 286 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  39.81 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  35.53 
 
 		 285 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  38.34 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 286 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 628 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 652 aa  149  6e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  34.43 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.75 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  38.59 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>