More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2929 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  100 
 
 		 317 aa  614  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  88.01 
 
 		 317 aa  503  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  88.64 
 
 		 317 aa  498  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  88.64 
 
 		 317 aa  498  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  85.49 
 
 		 317 aa  468  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  78.66 
 
 		 315 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  84.13 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  72.38 
 
 		 323 aa  424  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  71.52 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  71.2 
 
 		 330 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  78.66 
 
 		 329 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  71.57 
 
 		 315 aa  411  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  76.58 
 
 		 317 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  71.43 
 
 		 342 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  59.49 
 
 		 315 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  67.26 
 
 		 340 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 315 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 315 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 317 aa  328  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 315 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  61.54 
 
 		 343 aa  318  5e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  55.87 
 
 		 317 aa  315  7e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  52.73 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.23 
 
 		 311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.38 
 
 		 311 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  53.38 
 
 		 311 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.38 
 
 		 311 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  53.38 
 
 		 311 aa  278  7e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 312 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  53.38 
 
 		 311 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  53.38 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  53.35 
 
 		 312 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  52.56 
 
 		 311 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.87 
 
 		 329 aa  268  7e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  53.53 
 
 		 311 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  53.53 
 
 		 311 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.87 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  53.85 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.56 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  56.73 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  52.4 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 287 aa  179  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 287 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 		 290 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  39.76 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  40.16 
 
 		 652 aa  160  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40.08 
 
 		 286 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 642 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 628 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.65 
 
 		 295 aa  153  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 295 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  37.75 
 
 		 287 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2421  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 327 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719223  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 291 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>