More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3734 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
290 aa  541  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  72.22 
 
 
296 aa  384  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  72.22 
 
 
296 aa  384  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  73.17 
 
 
296 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  71.78 
 
 
296 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  69.44 
 
 
296 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  60.14 
 
 
299 aa  338  9e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  47.39 
 
 
289 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  45.52 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  45.52 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
652 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.48 
 
 
294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
320 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
320 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  43.88 
 
 
293 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  43.53 
 
 
295 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  43.88 
 
 
295 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  42.16 
 
 
291 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  44.06 
 
 
291 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  43.53 
 
 
295 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.29 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  43.71 
 
 
291 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  46.48 
 
 
291 aa  209  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  44.96 
 
 
287 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.1 
 
 
287 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  43.9 
 
 
293 aa  208  8e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  44.96 
 
 
289 aa  208  8e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  44.88 
 
 
286 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  42.71 
 
 
291 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  43.84 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  46.18 
 
 
300 aa  207  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  45.96 
 
 
295 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  45.96 
 
 
289 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
294 aa  205  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  44.32 
 
 
295 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
295 aa  203  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  43.25 
 
 
294 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
295 aa  202  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  42.4 
 
 
285 aa  202  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  43.17 
 
 
295 aa  201  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  42.05 
 
 
285 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  41.96 
 
 
291 aa  198  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  40.7 
 
 
287 aa  198  9e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  43.21 
 
 
291 aa  198  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  43.1 
 
 
293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  44.88 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  44.88 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  43.21 
 
 
291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  41.83 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  43.53 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  43.25 
 
 
291 aa  195  9e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  41.05 
 
 
287 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  43.71 
 
 
286 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  43.17 
 
 
295 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  40.97 
 
 
294 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  41.32 
 
 
313 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  40.97 
 
 
294 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  43.57 
 
 
294 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  40.35 
 
 
287 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.06 
 
 
656 aa  191  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  41.03 
 
 
294 aa  191  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  42.31 
 
 
286 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  38.87 
 
 
286 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  39.65 
 
 
287 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
291 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2952  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
291 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0349553  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  38.19 
 
 
290 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  38.89 
 
 
290 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1438  inner-membrane translocator  43.88 
 
 
293 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.683973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1399  inner-membrane translocator  39.93 
 
 
295 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.934196  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  42.38 
 
 
305 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  41.18 
 
 
290 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  43.53 
 
 
295 aa  186  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  40.34 
 
 
296 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  40.07 
 
 
293 aa  185  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  40.56 
 
 
283 aa  185  9e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  43.86 
 
 
286 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.71 
 
 
286 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  43.01 
 
 
286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2867  inner-membrane translocator  45.16 
 
 
295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.957765 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  40.79 
 
 
297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  42.34 
 
 
294 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  39.14 
 
 
301 aa  182  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  39.3 
 
 
288 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  38.03 
 
 
308 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  39.37 
 
 
313 aa  181  9.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  41.97 
 
 
306 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3530  inner-membrane translocator  45.2 
 
 
294 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.902092  normal  0.626427 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.7 
 
 
286 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6726  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
295 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  40.2 
 
 
305 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5820  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  0.153687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>