More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA0025 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0025  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
329 aa  631  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1574  inner-membrane translocator  74.44 
 
 
313 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
315 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  51.22 
 
 
330 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  51.22 
 
 
330 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  53.5 
 
 
315 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  54.87 
 
 
323 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  50.16 
 
 
317 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  49.52 
 
 
315 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1400  inner-membrane translocator  54.55 
 
 
342 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704678  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2933  inner-membrane translocator  53.25 
 
 
317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0799097  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  48.89 
 
 
317 aa  272  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  47.28 
 
 
315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  47.28 
 
 
315 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1680  inner-membrane translocator  51.75 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2024  inner-membrane translocator  51.75 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.266794  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  47.28 
 
 
315 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3309  inner-membrane translocator  52.87 
 
 
317 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0174879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2929  inner-membrane translocator  54.87 
 
 
317 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2577  inner-membrane translocator  53.57 
 
 
329 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.541212  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1796  inner-membrane translocator  54.07 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1838  inner-membrane translocator  53.02 
 
 
317 aa  242  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.116959 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1850  inner-membrane translocator  48.25 
 
 
343 aa  229  5e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1771  putative amino acid transmembrane protein  50.74 
 
 
340 aa  225  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0263135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.95 
 
 
311 aa  225  8e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  45.22 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1649  ABC transporter, permease protein  45.22 
 
 
311 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0890967  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1671  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.22 
 
 
311 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180332  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1825  putative branched amino acid transport system, membrane protein  45.22 
 
 
311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582047  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0907  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  45.54 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0720  ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0442  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.54 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1294  inner-membrane translocator  44.77 
 
 
313 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0932  inner-membrane translocator  43.31 
 
 
311 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1414  inner-membrane translocator  43.31 
 
 
311 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333204  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1333  inner-membrane translocator  43.49 
 
 
312 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0102274  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  42.04 
 
 
311 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2818  inner-membrane translocator  44.65 
 
 
312 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.847803  normal  0.133743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1318  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.65 
 
 
312 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1392  inner-membrane translocator  43.63 
 
 
311 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.192179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4558  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.99 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146468  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
287 aa  185  8e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1607  inner-membrane translocator  44.76 
 
 
316 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  39.74 
 
 
305 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
287 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  38.61 
 
 
287 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
308 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
287 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.58 
 
 
290 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  37.66 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
283 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  39.55 
 
 
290 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  35.62 
 
 
306 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.56 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  36.42 
 
 
289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.78 
 
 
286 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  36.6 
 
 
306 aa  166  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  37.13 
 
 
305 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  37.65 
 
 
313 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  37.26 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  35.42 
 
 
293 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  33.64 
 
 
295 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  36.42 
 
 
297 aa  162  1e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.99 
 
 
315 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  34.92 
 
 
291 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
290 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  35.24 
 
 
293 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  35.24 
 
 
295 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
290 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  36.88 
 
 
306 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.01 
 
 
289 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  37.26 
 
 
306 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
293 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
290 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  34.6 
 
 
295 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  34.64 
 
 
295 aa  157  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  36.19 
 
 
293 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  38.98 
 
 
288 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.99 
 
 
295 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.99 
 
 
295 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  37.7 
 
 
303 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  38.06 
 
 
300 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  36.77 
 
 
295 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.65 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.01 
 
 
286 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  36.6 
 
 
288 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
306 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.39 
 
 
296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.39 
 
 
296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 
287 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  36.74 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  34.29 
 
 
294 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.92 
 
 
656 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>