More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4476 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 285 aa  545  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4907  inner-membrane translocator  90.53 
 
 		 285 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3830  inner-membrane translocator  90.53 
 
 		 285 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.84807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  83.8 
 
 		 286 aa  441  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  80.63 
 
 		 286 aa  432  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  79.58 
 
 		 286 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  80.99 
 
 		 286 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  79.58 
 
 		 286 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6574  inner-membrane translocator  80.28 
 
 		 286 aa  400  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0310358  normal  0.0403201 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5727  inner-membrane translocator  79.93 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6091  inner-membrane translocator  79.93 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.754809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 314 aa  347  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  63.03 
 
 		 286 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  62.68 
 
 		 286 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  62.68 
 
 		 286 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  61.27 
 
 		 285 aa  325  4.0000000000000003e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0758  inner-membrane translocator  65.96 
 
 		 284 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 652 aa  207  1e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.05 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 287 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  40.69 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  40.59 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  42.6 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 288 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 287 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.21 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  40.57 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 287 aa  188  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  41.28 
 
 		 291 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  43.01 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 286 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.86 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  40.86 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  45.61 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  44.8 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  37.72 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  39.64 
 
 		 290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  40.59 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  39.64 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  40 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.92 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.07 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 628 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3780  inner-membrane translocator  41.33 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  41.7 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  40 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.86 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>