More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2729 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  565  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  93.79 
 
 		 290 aa  503  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  91.03 
 
 		 290 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  88.28 
 
 		 311 aa  473  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  83.45 
 
 		 290 aa  447  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  67.93 
 
 		 288 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 288 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 288 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  67.93 
 
 		 289 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  61.54 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  61.19 
 
 		 289 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  61.32 
 
 		 287 aa  298  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  60.84 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  60.56 
 
 		 288 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  56.32 
 
 		 274 aa  235  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  46.69 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  43.11 
 
 		 287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  41.7 
 
 		 287 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  43.16 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 287 aa  201  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  40.56 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 287 aa  175  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 287 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 293 aa  153  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 290 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  33 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  31.77 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.68 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 537 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 524 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.14 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  31.77 
 
 		 353 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  34.26 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.22 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.71 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 527 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.06 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  33 
 
 		 548 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 542 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  33.45 
 
 		 542 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 524 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.23 
 
 		 551 aa  129  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.98 
 
 		 537 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.08 
 
 		 558 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.76 
 
 		 545 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.51 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.26 
 
 		 286 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.26 
 
 		 286 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>