More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5445 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 		 285 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 288 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  45.23 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 288 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  40 
 
 		 287 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  43.46 
 
 		 290 aa  185  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  44.88 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  44.13 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  44.13 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 286 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  41.37 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 311 aa  173  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  43.87 
 
 		 274 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  43.77 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  44.95 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 288 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 293 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  35.02 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 534 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7685  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.65 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.75 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.83 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 306 aa  128  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.7 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.95 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.58 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 628 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 353 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4207  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 339 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>