More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0176 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  52.94 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  52.17 
 
 		 308 aa  291  9e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  53.8 
 
 		 306 aa  281  8.000000000000001e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  52.81 
 
 		 306 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  52.16 
 
 		 305 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  50.69 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  50.33 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 306 aa  262  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  52.81 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 287 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.88 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  50.87 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  46.05 
 
 		 287 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 304 aa  255  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  52.15 
 
 		 306 aa  254  9e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 287 aa  249  5e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 287 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  48.99 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  50 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  45.18 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 290 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 286 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 288 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  48.16 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  45.36 
 
 		 290 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  49.83 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  53.33 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 315 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  42.43 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  48.34 
 
 		 306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  42.57 
 
 		 288 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  50.66 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  45.86 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  42.49 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  41.78 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  41.86 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.88 
 
 		 286 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 286 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.88 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.88 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.88 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 652 aa  176  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  37.88 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.99 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.36 
 
 		 285 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.75 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 289 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 283 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.58 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.85 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.39 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  40 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3408  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.39 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000427982 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6574  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0310358  normal  0.0403201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 628 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2421  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719223  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5727  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6091  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.754809  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.88 
 
 		 286 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3830  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.84807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4907  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2034  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.191012  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  39.27 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 287 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  39.02 
 
 		 628 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.47 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>