More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1178 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  557  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  95.49 
 
 		 289 aa  517  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.38 
 
 		 289 aa  408  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  72.38 
 
 		 289 aa  407  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  71.68 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  67.71 
 
 		 287 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  68.06 
 
 		 287 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  45.61 
 
 		 290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  46.67 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  46.32 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  45.26 
 
 		 288 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  47.2 
 
 		 287 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 289 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  45.3 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  46.26 
 
 		 288 aa  208  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  45.67 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  44.95 
 
 		 290 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  44.78 
 
 		 274 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  43.86 
 
 		 311 aa  189  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  39.44 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  43.16 
 
 		 290 aa  188  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 286 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  35.45 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 286 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.02 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  33.21 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.58 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  32.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.84 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.64 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.07 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1378  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  35.84 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  32.88 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>