More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3492 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  67.61 
 
 		 537 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  100 
 
 		 542 aa  1072    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  63.98 
 
 		 545 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  58.44 
 
 		 548 aa  605  9.999999999999999e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  62.36 
 
 		 550 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  56.5 
 
 		 558 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 554 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  58.15 
 
 		 537 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  60.2 
 
 		 537 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  59.88 
 
 		 520 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  59.8 
 
 		 542 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  59.92 
 
 		 545 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  59.6 
 
 		 542 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  58.52 
 
 		 523 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  60.4 
 
 		 545 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  44.27 
 
 		 547 aa  433  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  47.29 
 
 		 538 aa  429  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  47.67 
 
 		 540 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  46.75 
 
 		 534 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 537 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 526 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  49.49 
 
 		 515 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  47.44 
 
 		 527 aa  397  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  47.31 
 
 		 524 aa  398  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  45.3 
 
 		 524 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.6 
 
 		 528 aa  395  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  44.3 
 
 		 551 aa  391  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  48.03 
 
 		 526 aa  382  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  49.59 
 
 		 527 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1102  urea ABC transporter, permease protein UrtB  50.41 
 
 		 561 aa  374  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  50.47 
 
 		 534 aa  363  6e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  46.11 
 
 		 553 aa  362  9e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  47.08 
 
 		 545 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.47 
 
 		 539 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1869  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.14 
 
 		 543 aa  359  6e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.180379  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  45.77 
 
 		 539 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  45.77 
 
 		 539 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2192  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.95 
 
 		 543 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.788858  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.32 
 
 		 539 aa  355  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2040  ABC transporter permease  46.02 
 
 		 538 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.552564  normal  0.308793 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.38 
 
 		 539 aa  349  9e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.63 
 
 		 552 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  44.94 
 
 		 539 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3932  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.54 
 
 		 543 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.98 
 
 		 549 aa  345  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.62 
 
 		 529 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  51.62 
 
 		 529 aa  343  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  48.29 
 
 		 540 aa  342  1e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  48.29 
 
 		 538 aa  342  1e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.27 
 
 		 539 aa  342  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 		 538 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.62 
 
 		 540 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.51 
 
 		 525 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 		 540 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 		 542 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 		 542 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.06 
 
 		 542 aa  340  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.61 
 
 		 542 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  49.24 
 
 		 500 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2252  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.87 
 
 		 543 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  44.65 
 
 		 526 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.44 
 
 		 539 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.69 
 
 		 533 aa  329  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  44.51 
 
 		 533 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  45.15 
 
 		 515 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.68 
 
 		 495 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.38 
 
 		 529 aa  326  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  49.24 
 
 		 484 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  44.31 
 
 		 524 aa  321  3e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0189  inner-membrane translocator  42.69 
 
 		 567 aa  318  1e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47 
 
 		 495 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  43.91 
 
 		 522 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  44.42 
 
 		 592 aa  309  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5580  branched-chain amino acid ABC transporter permease  46.07 
 
 		 529 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.58 
 
 		 551 aa  303  5.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1437  inner-membrane translocator  43.67 
 
 		 525 aa  303  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  39.11 
 
 		 543 aa  302  8.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  62.04 
 
 		 346 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  48 
 
 		 292 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.06 
 
 		 297 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  48.29 
 
 		 642 aa  262  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 300 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.2 
 
 		 296 aa  259  1e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.69 
 
 		 293 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0300  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  47.66 
 
 		 642 aa  253  7e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.247535  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1944  inner-membrane translocator  47.66 
 
 		 642 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  47.95 
 
 		 639 aa  252  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  48.11 
 
 		 302 aa  251  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29731  putative urea ABC transporter  38.79 
 
 		 384 aa  246  8e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  45.64 
 
 		 307 aa  240  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  47.4 
 
 		 300 aa  240  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.32 
 
 		 292 aa  239  8e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.3 
 
 		 308 aa  238  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.95 
 
 		 308 aa  238  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.9 
 
 		 308 aa  236  8e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08851  putative urea ABC transporter  37.53 
 
 		 384 aa  235  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.527406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 308 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.95 
 
 		 308 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.95 
 
 		 308 aa  233  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.6 
 
 		 308 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>