More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2006 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  100 
 
 		 301 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  46.67 
 
 		 524 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  47 
 
 		 524 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  45 
 
 		 526 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.37 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 527 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3499  inner-membrane translocator  47.35 
 
 		 526 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  45.13 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4011  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.52 
 
 		 515 aa  242  6e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.430688  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.49 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 534 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.99 
 
 		 292 aa  238  8e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1085  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.67 
 
 		 528 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  45.79 
 
 		 540 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  46.55 
 
 		 551 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.27 
 
 		 545 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  43.33 
 
 		 548 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.26 
 
 		 558 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.3 
 
 		 523 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1201  inner-membrane translocator  46.33 
 
 		 527 aa  228  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1253  inner-membrane translocator  44.19 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27605 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3866  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4150  inner-membrane translocator  46.48 
 
 		 545 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0698  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  46.62 
 
 		 534 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0832776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3863  inner-membrane translocator  43.52 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.343461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1673  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.52 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0655  branched chain amino acid ABC transporter permease  43.19 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.481905 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 547 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  41.95 
 
 		 542 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  44.72 
 
 		 537 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  43.71 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.33 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4886  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.33 
 
 		 529 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.33 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.33 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.72 
 
 		 550 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.14 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  44.11 
 
 		 538 aa  222  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4427  inner-membrane translocator  48 
 
 		 529 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483913  normal  0.930967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.37 
 
 		 545 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0977  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.33 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.26 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0701  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.6 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.879979  hitchhiker  0.000000462234 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 554 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.03 
 
 		 293 aa  218  7e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  42.96 
 
 		 537 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0589  inner-membrane translocator  47.84 
 
 		 500 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.892329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  42.61 
 
 		 520 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 542 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 537 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2177  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  44.96 
 
 		 540 aa  215  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0731  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.96 
 
 		 538 aa  215  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1503  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.24 
 
 		 542 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0128621  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3128  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 542 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 542 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3104  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 542 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2049  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 538 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81771  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2564  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 540 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3068  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 542 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2160  urea ABC transporter, permease protein UrtB  45.85 
 
 		 539 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361023  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 639 aa  212  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.54 
 
 		 293 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4013  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.6 
 
 		 539 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1422  inner-membrane translocator  47.51 
 
 		 526 aa  211  9e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.67 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.5 
 
 		 551 aa  211  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4842  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  47.48 
 
 		 346 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.25148  normal  0.358489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4634  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.48 
 
 		 495 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23273  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4720  inner-membrane translocator  47.48 
 
 		 484 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149683  normal  0.0227032 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0430  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 539 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0909  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 539 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0879  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.6 
 
 		 539 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.686003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4899  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.48 
 
 		 495 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0227  Fis family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 537 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.903114 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2483  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.96 
 
 		 540 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0786  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 539 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0797  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.6 
 
 		 539 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0953  urea ABC transporter, permease protein UrtB  43.53 
 
 		 549 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1774  inner-membrane translocator  40.82 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.682783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  46.51 
 
 		 539 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1256  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  40.75 
 
 		 543 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.897203  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3799  inner-membrane translocator  42.8 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.266224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0700  inner-membrane translocator  46.76 
 
 		 522 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3113  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.02 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3684  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.53 
 
 		 552 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3144  urea ABC transporter, permease protein UrtB  41.36 
 
 		 304 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0993  inner-membrane translocator  46.89 
 
 		 592 aa  205  9e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2872  urea ABC transporter, permease protein UrtB  47.67 
 
 		 533 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0183692  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1339  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  47.67 
 
 		 533 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.388899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0953  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 545 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.794484  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  40.2 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1989  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 524 aa  203  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.517253  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2793  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  47.67 
 
 		 515 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2745  urea ABC transporter, permease protein UrtB  44.19 
 
 		 525 aa  202  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300055  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0987  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 553 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573252  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2595  inner-membrane translocator  43.91 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64280  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.51 
 
 		 529 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00501395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0565  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>