More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2459 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  100 
 
 
308 aa  595  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  74.1 
 
 
305 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  77.12 
 
 
306 aa  428  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  60.33 
 
 
306 aa  320  9.999999999999999e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  55.15 
 
 
308 aa  298  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  55 
 
 
305 aa  299  5e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  58 
 
 
304 aa  291  9e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  52.63 
 
 
306 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  55.45 
 
 
305 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  53.44 
 
 
306 aa  288  6e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  56.48 
 
 
306 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
306 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
304 aa  278  7e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  55.59 
 
 
306 aa  276  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  55.48 
 
 
306 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  48.47 
 
 
287 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  54.61 
 
 
306 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  50.33 
 
 
306 aa  255  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  54.05 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  49.49 
 
 
287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  48.47 
 
 
287 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  54.33 
 
 
303 aa  251  8.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  48.14 
 
 
287 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.61 
 
 
305 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  56.29 
 
 
305 aa  245  6.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  52.63 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  57 
 
 
304 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  47.37 
 
 
288 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  46.45 
 
 
315 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  48.38 
 
 
293 aa  235  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  47.67 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  49.01 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  48.03 
 
 
288 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  46.13 
 
 
293 aa  229  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  48.01 
 
 
288 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  43.34 
 
 
290 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  42.66 
 
 
290 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  46.15 
 
 
286 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  47.67 
 
 
290 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  44 
 
 
286 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  45.18 
 
 
288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  45.21 
 
 
290 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.76 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  44.82 
 
 
288 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  38.24 
 
 
289 aa  188  8e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37.29 
 
 
283 aa  185  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
652 aa  185  7e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.72 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 
290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  38.04 
 
 
289 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  36.63 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  36.18 
 
 
288 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
288 aa  172  7.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  35.79 
 
 
288 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  38.67 
 
 
297 aa  171  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  38 
 
 
291 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  36.99 
 
 
282 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  40.13 
 
 
299 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  37.42 
 
 
296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  37.42 
 
 
296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.25 
 
 
285 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.85 
 
 
293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.23 
 
 
285 aa  165  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  35.8 
 
 
286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  37.79 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.79 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  37.87 
 
 
291 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  35.33 
 
 
289 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  37.87 
 
 
291 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
320 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
320 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  35.64 
 
 
294 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.02 
 
 
286 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  33.56 
 
 
286 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.63 
 
 
286 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  35.63 
 
 
286 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.31 
 
 
294 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.63 
 
 
286 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 
294 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4108  inner-membrane translocator  38.01 
 
 
283 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  36.79 
 
 
286 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.31 
 
 
294 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.79 
 
 
289 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  38.87 
 
 
296 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
294 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
628 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
287 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
294 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
294 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  35.28 
 
 
293 aa  159  8e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
294 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  37.5 
 
 
628 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  35.09 
 
 
317 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.21 
 
 
286 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 
295 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>