More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0861 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  100 
 
 		 305 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  79.87 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  76.67 
 
 		 303 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  61.87 
 
 		 305 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  59.12 
 
 		 306 aa  329  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  60.26 
 
 		 306 aa  322  6e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  59.93 
 
 		 306 aa  318  7e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  59.06 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  56.01 
 
 		 304 aa  299  5e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  55.63 
 
 		 305 aa  295  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  58.61 
 
 		 306 aa  292  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  58.39 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  59.4 
 
 		 304 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  55.21 
 
 		 306 aa  288  8e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  56.29 
 
 		 308 aa  287  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  54.36 
 
 		 308 aa  288  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  55.96 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  59.06 
 
 		 306 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  57.43 
 
 		 329 aa  277  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  61.07 
 
 		 304 aa  262  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  53.64 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 287 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  50.66 
 
 		 306 aa  248  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  44.93 
 
 		 287 aa  248  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.86 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  44.59 
 
 		 287 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 290 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  48.52 
 
 		 286 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  44.26 
 
 		 287 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  45.61 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  48.65 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  43.38 
 
 		 288 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  45.28 
 
 		 315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  45.51 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 290 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 290 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  47.02 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  44.04 
 
 		 288 aa  222  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  50.79 
 
 		 288 aa  221  9e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  42 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  44.97 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.57 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  39.46 
 
 		 652 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  40 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.91 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  37.66 
 
 		 336 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0225  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 317 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 628 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.21 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.02 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 285 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38 
 
 		 286 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.07 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3168  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 317 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  37 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  36.77 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.21 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.21 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.21 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1579  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.687848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  40 
 
 		 642 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  42.97 
 
 		 633 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.88 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 527 aa  152  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4168  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1438  ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  41.08 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>