More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0365 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  100 
 
 
306 aa  575  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  70.82 
 
 
306 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  64.83 
 
 
306 aa  345  7e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  57.76 
 
 
305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  58.28 
 
 
306 aa  323  2e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  56.19 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  63.28 
 
 
306 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  58.36 
 
 
306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  55.48 
 
 
308 aa  302  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  53.59 
 
 
305 aa  288  7e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
306 aa  278  8e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  52.23 
 
 
304 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  55.22 
 
 
329 aa  265  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  52.35 
 
 
304 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  54.15 
 
 
306 aa  263  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  52.63 
 
 
308 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  51.48 
 
 
305 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  52.98 
 
 
303 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
304 aa  254  9e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  51.63 
 
 
306 aa  249  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  52.49 
 
 
306 aa  249  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  50 
 
 
306 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  53.64 
 
 
305 aa  246  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  47.12 
 
 
287 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  46.78 
 
 
287 aa  242  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  47.12 
 
 
287 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  45.42 
 
 
287 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.46 
 
 
305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  43.96 
 
 
290 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  43.62 
 
 
290 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  47.14 
 
 
313 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  43.29 
 
 
286 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  43.96 
 
 
288 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  43.56 
 
 
293 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  41.53 
 
 
315 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  43.14 
 
 
286 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  47.18 
 
 
290 aa  215  9e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  41.91 
 
 
293 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  45.27 
 
 
288 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  41.16 
 
 
286 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  46.62 
 
 
288 aa  208  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  43.29 
 
 
288 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  44.67 
 
 
290 aa  202  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  48.83 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.03 
 
 
286 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.79 
 
 
652 aa  191  9e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  42.81 
 
 
286 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  39.23 
 
 
286 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  38.59 
 
 
283 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  39.73 
 
 
288 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.2 
 
 
290 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  40 
 
 
286 aa  175  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.62 
 
 
286 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.62 
 
 
286 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.62 
 
 
286 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  37 
 
 
289 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  37.92 
 
 
286 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  37.41 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  38 
 
 
628 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
336 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
288 aa  162  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.59 
 
 
286 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  39.8 
 
 
300 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.38 
 
 
286 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
288 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.97 
 
 
285 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  36.03 
 
 
288 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3408  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.38 
 
 
286 aa  160  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000427982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2390  inner-membrane translocator  37.22 
 
 
315 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0318684  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7685  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.5 
 
 
336 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  40.4 
 
 
291 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.62 
 
 
286 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2421  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
327 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719223  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2034  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 
284 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.191012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  36.88 
 
 
628 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  34.55 
 
 
289 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  40 
 
 
286 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  39.92 
 
 
633 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
642 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  38.94 
 
 
622 aa  155  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.54 
 
 
299 aa  155  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4565  inner-membrane translocator  36.1 
 
 
315 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1353  inner-membrane translocator  37.09 
 
 
301 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  37.87 
 
 
291 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
289 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  38 
 
 
296 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  37.79 
 
 
286 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  38 
 
 
296 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  38.21 
 
 
291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
282 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1901  inner-membrane translocator  39.02 
 
 
311 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  38.46 
 
 
315 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4207  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
339 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  36.42 
 
 
323 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  37.07 
 
 
288 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2653  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.24 
 
 
311 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  38.87 
 
 
630 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1573  inner-membrane translocator  35.96 
 
 
315 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  39.27 
 
 
330 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>