More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3133 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  94.4 
 
 		 411 aa  763    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  92.7 
 
 		 411 aa  752    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3133  inner-membrane translocator  100 
 
 		 411 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0698666  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3828  inner-membrane translocator  89.17 
 
 		 406 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3716  inner-membrane translocator  91.95 
 
 		 407 aa  695    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  62.1 
 
 		 399 aa  440  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  54.18 
 
 		 402 aa  418  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  57.78 
 
 		 399 aa  390  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 358 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  37 
 
 		 318 aa  164  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  37.08 
 
 		 314 aa  160  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 333 aa  160  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  33.24 
 
 		 597 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  35.5 
 
 		 323 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 361 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 342 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 324 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.71 
 
 		 632 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  33.73 
 
 		 621 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  33.95 
 
 		 594 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  38.32 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  37 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.92 
 
 		 852 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.44 
 
 		 324 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.29 
 
 		 331 aa  143  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.36 
 
 		 323 aa  143  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  38.04 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.13 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  33.65 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.91 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  40.3 
 
 		 313 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 335 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  37.79 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  31.22 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 323 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.88 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 656 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 324 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 329 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 340 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.68 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  37 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  37.31 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 329 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 315 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 652 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  30.6 
 
 		 838 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 344 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 326 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  32.94 
 
 		 625 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.24 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 329 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  37.31 
 
 		 332 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 		 333 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  33.62 
 
 		 322 aa  130  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  34.99 
 
 		 331 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>