More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3828 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  88.08 
 
 		 411 aa  718    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  87.59 
 
 		 411 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3828  inner-membrane translocator  100 
 
 		 406 aa  808    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3133  inner-membrane translocator  87.1 
 
 		 411 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0698666  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3716  inner-membrane translocator  90.67 
 
 		 407 aa  685    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  60.61 
 
 		 399 aa  440  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  56.67 
 
 		 402 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  55.61 
 
 		 399 aa  401  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.51 
 
 		 358 aa  166  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  37 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 314 aa  160  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 328 aa  160  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 330 aa  156  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 318 aa  156  8e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  35.39 
 
 		 597 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  35.5 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 361 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 339 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  35.19 
 
 		 594 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.75 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.14 
 
 		 632 aa  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  34.35 
 
 		 322 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.97 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  31.47 
 
 		 852 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  38.17 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  34.23 
 
 		 621 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  36.82 
 
 		 328 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.26 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.13 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  42.53 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  33.86 
 
 		 330 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 652 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  34.54 
 
 		 330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 335 aa  136  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.4 
 
 		 332 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 339 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  37.4 
 
 		 332 aa  136  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 315 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.55 
 
 		 656 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 329 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 324 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 337 aa  131  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  32.38 
 
 		 838 aa  131  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.26 
 
 		 324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  39 
 
 		 311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  32.62 
 
 		 625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 441 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>