More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1588 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  100 
 
 		 343 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  90.8 
 
 		 339 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  86.65 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  76.42 
 
 		 345 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  56.7 
 
 		 322 aa  324  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  52.82 
 
 		 344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  55.52 
 
 		 344 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  54.55 
 
 		 341 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  59.47 
 
 		 331 aa  302  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  57.69 
 
 		 328 aa  302  7.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  57.28 
 
 		 325 aa  299  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  56.52 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  57.83 
 
 		 320 aa  292  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  52.7 
 
 		 320 aa  278  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  56.69 
 
 		 352 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  46.21 
 
 		 332 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  43.07 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 335 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  41.82 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 328 aa  196  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 		 328 aa  192  8e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.97 
 
 		 328 aa  192  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  41.41 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 339 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 339 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  35 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 360 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 652 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  33.22 
 
 		 621 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  40 
 
 		 313 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.41 
 
 		 313 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.89 
 
 		 656 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.35 
 
 		 340 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.89 
 
 		 355 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.87 
 
 		 646 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 646 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.08 
 
 		 594 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 633 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 399 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 642 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.57 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  34.68 
 
 		 597 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 338 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  33.7 
 
 		 838 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 355 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  30.31 
 
 		 562 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  35.6 
 
 		 632 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 		 333 aa  116  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  34.94 
 
 		 840 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.49 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>