More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1749 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  100 
 
 		 328 aa  631  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  73.77 
 
 		 322 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  72.22 
 
 		 325 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  73.68 
 
 		 326 aa  408  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  70.4 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  57.05 
 
 		 339 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  58.69 
 
 		 343 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  58.09 
 
 		 341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 344 aa  285  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  52.98 
 
 		 341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  56.17 
 
 		 345 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  52.4 
 
 		 331 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  50 
 
 		 320 aa  268  8.999999999999999e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 352 aa  255  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  44.12 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  43.07 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  43.04 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  40.15 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  39.64 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33.84 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.08 
 
 		 656 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 329 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.82 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4060  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0299219  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.02 
 
 		 331 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  37 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  37 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  39.85 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  40 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.08 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 337 aa  129  8.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4208  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 652 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.79 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 360 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 351 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  36.4 
 
 		 842 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.9 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 368 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7686  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.39 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.361538  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  33.22 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  33.6 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2035  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.08 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.226919  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1370  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 358 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.94 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 339 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 642 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.29 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0326  inner-membrane translocator  35 
 
 		 359 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.660469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.19 
 
 		 330 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  35.13 
 
 		 840 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  32.59 
 
 		 597 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.64 
 
 		 646 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>