More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4297 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  100 
 
 		 337 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  44.82 
 
 		 333 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  46.33 
 
 		 339 aa  218  7.999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.37 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.37 
 
 		 328 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 328 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  42.21 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  38.49 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 344 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 339 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  40 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  40.48 
 
 		 331 aa  182  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  39.61 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  40 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  37.81 
 
 		 345 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 320 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 368 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  33.23 
 
 		 594 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.28 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.88 
 
 		 656 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  29.23 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  31.72 
 
 		 597 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.32 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  30.11 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.09 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.72 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.14 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.08 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.79 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30.81 
 
 		 346 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 637 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  28.16 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  26.86 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.38 
 
 		 632 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.13 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  27.61 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  27.61 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.23 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  28.52 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 351 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 324 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 339 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3819  inner-membrane translocator  29.88 
 
 		 362 aa  99.4  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 304 aa  99.4  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 313 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 331 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 318 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  29.14 
 
 		 628 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2687  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.234697  normal  0.118334 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  27.52 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  28.95 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>