More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2272 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  100 
 
 		 332 aa  639    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  89.76 
 
 		 332 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  58.79 
 
 		 333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  57.46 
 
 		 334 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 335 aa  328  6e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  56.23 
 
 		 328 aa  308  9e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.09 
 
 		 328 aa  302  6.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.76 
 
 		 328 aa  298  8e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  43.84 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  42.3 
 
 		 339 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 344 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 337 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 320 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  43.07 
 
 		 343 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  39.93 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  41.36 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  43.3 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  40.65 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  42.48 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  41.43 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  38.05 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  41.6 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  34 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.22 
 
 		 656 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 351 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  29.93 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.85 
 
 		 355 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  29.43 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.8 
 
 		 594 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  29.96 
 
 		 632 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  28.53 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.1 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  27.15 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  27.42 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  30.37 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.97 
 
 		 646 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  34.71 
 
 		 597 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 352 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 351 aa  112  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  26.79 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.25 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  31.91 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.56 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  28.52 
 
 		 852 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  28.37 
 
 		 646 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 330 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.27 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  31.8 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  27.5 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3319  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  27.5 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>