More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4780 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  100 
 
 		 331 aa  634    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  83.23 
 
 		 352 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  79.68 
 
 		 341 aa  464  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  77.99 
 
 		 344 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  77.36 
 
 		 344 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  57.62 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  57.81 
 
 		 339 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  59.47 
 
 		 343 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  56.48 
 
 		 341 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  52.1 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  54.42 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  53.63 
 
 		 345 aa  255  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  54.23 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  52.4 
 
 		 328 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  47.19 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 334 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  52.13 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  42.95 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.05 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.05 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.68 
 
 		 315 aa  156  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 337 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 328 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  36.61 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.9 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  36.05 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.83 
 
 		 838 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 328 aa  125  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  35.31 
 
 		 594 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 652 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.83 
 
 		 656 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 351 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 313 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.83 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 340 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1254  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.76 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  34.62 
 
 		 597 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.93 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  40.61 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  34.4 
 
 		 621 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 329 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 358 aa  116  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>