More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5321 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  100 
 
 
518 aa  1045    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  70.04 
 
 
505 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  70.04 
 
 
505 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  69.72 
 
 
505 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  69.51 
 
 
484 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  49.7 
 
 
511 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  49.79 
 
 
485 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.2 
 
 
511 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.46 
 
 
510 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.74 
 
 
502 aa  398  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.7 
 
 
557 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.85 
 
 
506 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.54 
 
 
483 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44 
 
 
511 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  45.11 
 
 
520 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.42 
 
 
532 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.39 
 
 
513 aa  372  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.54 
 
 
551 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  44.79 
 
 
543 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.37 
 
 
509 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  43.16 
 
 
523 aa  359  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.33 
 
 
505 aa  348  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.86 
 
 
488 aa  345  8e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  46.6 
 
 
482 aa  341  2e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.37 
 
 
523 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.12 
 
 
522 aa  333  4e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.18 
 
 
480 aa  330  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.6 
 
 
579 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.2 
 
 
480 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.29 
 
 
579 aa  323  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.17 
 
 
500 aa  321  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  42.22 
 
 
480 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.72 
 
 
501 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.88 
 
 
515 aa  301  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.88 
 
 
515 aa  301  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.12 
 
 
503 aa  299  7e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.9 
 
 
421 aa  296  6e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.92 
 
 
491 aa  293  7e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.92 
 
 
491 aa  293  7e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  37.58 
 
 
504 aa  291  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.18 
 
 
498 aa  288  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.09 
 
 
495 aa  279  8e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.09 
 
 
495 aa  279  8e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.09 
 
 
495 aa  279  8e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.55 
 
 
495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.25 
 
 
496 aa  273  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.63 
 
 
514 aa  271  2.9999999999999997e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.22 
 
 
484 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.75 
 
 
496 aa  269  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.55 
 
 
491 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.72 
 
 
478 aa  264  4e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.05 
 
 
487 aa  256  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.27 
 
 
493 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.18 
 
 
494 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
498 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  35.1 
 
 
494 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  34.9 
 
 
494 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
501 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  35.31 
 
 
494 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
522 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
522 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.61 
 
 
522 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.89 
 
 
515 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.5 
 
 
634 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  35.28 
 
 
574 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
634 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
521 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
634 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
532 aa  220  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
536 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.84 
 
 
506 aa  213  9e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.16 
 
 
498 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.96 
 
 
511 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  34.62 
 
 
779 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
535 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
496 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
496 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.52 
 
 
497 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.75 
 
 
487 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.49 
 
 
511 aa  196  6e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.87 
 
 
485 aa  195  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0109  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.87 
 
 
519 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0108  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.87 
 
 
519 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.94 
 
 
490 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.27 
 
 
489 aa  189  7e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.08 
 
 
486 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.45 
 
 
479 aa  187  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.7 
 
 
500 aa  187  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.93 
 
 
482 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.47 
 
 
497 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.05 
 
 
507 aa  186  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.38 
 
 
487 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.71 
 
 
512 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.63 
 
 
513 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.19 
 
 
482 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.34 
 
 
484 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.71 
 
 
482 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.7 
 
 
497 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.57 
 
 
486 aa  178  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.78 
 
 
486 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>