More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4987 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  91.88 
 
 
505 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  91.88 
 
 
505 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  98.76 
 
 
484 aa  959    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
505 aa  1013    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  70.04 
 
 
518 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  50.72 
 
 
511 aa  458  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  53.68 
 
 
485 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
510 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.23 
 
 
511 aa  412  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.7 
 
 
511 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.55 
 
 
502 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  48.09 
 
 
523 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.57 
 
 
557 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  47.82 
 
 
543 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.02 
 
 
509 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.54 
 
 
532 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.99 
 
 
483 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  44.33 
 
 
520 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.15 
 
 
506 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.07 
 
 
513 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44 
 
 
551 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.12 
 
 
522 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.27 
 
 
505 aa  353  5e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.11 
 
 
480 aa  347  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.53 
 
 
488 aa  341  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  47.86 
 
 
482 aa  336  5e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.55 
 
 
480 aa  325  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.12 
 
 
523 aa  324  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  43.22 
 
 
480 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.01 
 
 
579 aa  313  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  41.4 
 
 
501 aa  309  9e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.6 
 
 
500 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.67 
 
 
579 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.71 
 
 
503 aa  298  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.83 
 
 
514 aa  296  6e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  37.61 
 
 
504 aa  286  8e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.16 
 
 
421 aa  285  2.0000000000000002e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.17 
 
 
515 aa  278  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.17 
 
 
515 aa  278  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.45 
 
 
496 aa  272  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.85 
 
 
498 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.86 
 
 
496 aa  270  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.88 
 
 
478 aa  269  8e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.7 
 
 
495 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.3 
 
 
491 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.3 
 
 
491 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.06 
 
 
484 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.38 
 
 
487 aa  262  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.27 
 
 
491 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
494 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.44 
 
 
634 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  36.94 
 
 
494 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.23 
 
 
634 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.23 
 
 
634 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  36.73 
 
 
494 aa  253  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.86 
 
 
498 aa  253  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.86 
 
 
501 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  38.01 
 
 
574 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  37.15 
 
 
494 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
493 aa  243  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
515 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.94 
 
 
522 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.59 
 
 
521 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.79 
 
 
497 aa  233  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
522 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.73 
 
 
522 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.42 
 
 
532 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.01 
 
 
535 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.08 
 
 
498 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
536 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.79 
 
 
511 aa  226  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  36.45 
 
 
779 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.49 
 
 
487 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.85 
 
 
506 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.12 
 
 
488 aa  204  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
488 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.81 
 
 
511 aa  197  3e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0109  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.96 
 
 
519 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0108  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.96 
 
 
519 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.23 
 
 
482 aa  181  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.16 
 
 
487 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
485 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  26.02 
 
 
489 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.78 
 
 
457 aa  177  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.82 
 
 
495 aa  177  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
510 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
510 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 
496 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 
496 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  25.82 
 
 
479 aa  175  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.64 
 
 
490 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.54 
 
 
495 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
508 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.660078 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.93 
 
 
497 aa  171  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.94 
 
 
495 aa  170  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.92 
 
 
509 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
500 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>