More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1356 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  100 
 
 
501 aa  974    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.92 
 
 
495 aa  566  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.92 
 
 
495 aa  566  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.92 
 
 
495 aa  566  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.71 
 
 
495 aa  565  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.29 
 
 
491 aa  554  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  59.02 
 
 
504 aa  544  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.54 
 
 
478 aa  437  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.21 
 
 
506 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
510 aa  412  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.21 
 
 
514 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.87 
 
 
532 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.14 
 
 
483 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  47.42 
 
 
488 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.45 
 
 
579 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.73 
 
 
579 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.4 
 
 
511 aa  362  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  49.59 
 
 
480 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42 
 
 
513 aa  347  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.51 
 
 
523 aa  343  5.999999999999999e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.86 
 
 
500 aa  342  8e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.56 
 
 
496 aa  339  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.74 
 
 
511 aa  331  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.23 
 
 
491 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.23 
 
 
491 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.44 
 
 
480 aa  326  7e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  42.03 
 
 
511 aa  325  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.72 
 
 
421 aa  319  7.999999999999999e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.88 
 
 
557 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.53 
 
 
484 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.38 
 
 
498 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.38 
 
 
501 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.13 
 
 
551 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.07 
 
 
502 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  45.14 
 
 
494 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  44.49 
 
 
485 aa  297  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  40.72 
 
 
518 aa  297  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  44.92 
 
 
494 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.9 
 
 
484 aa  293  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.12 
 
 
487 aa  293  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.43 
 
 
505 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.9 
 
 
505 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.43 
 
 
505 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.96 
 
 
498 aa  292  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
494 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.11 
 
 
494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.74 
 
 
496 aa  286  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  39.87 
 
 
520 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.78 
 
 
493 aa  282  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.94 
 
 
503 aa  280  3e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.44 
 
 
634 aa  276  8e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.23 
 
 
634 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  43.23 
 
 
634 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  43.23 
 
 
574 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  39.23 
 
 
523 aa  266  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.19 
 
 
511 aa  264  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.14 
 
 
515 aa  263  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.67 
 
 
515 aa  260  4e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.67 
 
 
515 aa  260  4e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  45.37 
 
 
779 aa  259  9e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.91 
 
 
522 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.7 
 
 
522 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.7 
 
 
522 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  42.37 
 
 
482 aa  256  7e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.88 
 
 
521 aa  252  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.73 
 
 
509 aa  252  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.42 
 
 
505 aa  251  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.67 
 
 
535 aa  249  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.83 
 
 
536 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.04 
 
 
532 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.45 
 
 
480 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  36.23 
 
 
543 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.75 
 
 
498 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.75 
 
 
497 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.79 
 
 
511 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.2 
 
 
522 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.92 
 
 
485 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.74 
 
 
487 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.83 
 
 
506 aa  208  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.66 
 
 
488 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
495 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.61 
 
 
488 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  195  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
477 aa  189  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
483 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.06 
 
 
486 aa  187  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.86 
 
 
495 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.86 
 
 
495 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.86 
 
 
495 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.02 
 
 
483 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.29 
 
 
497 aa  184  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.68 
 
 
484 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
484 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.04 
 
 
494 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.95 
 
 
481 aa  177  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.91 
 
 
500 aa  177  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
494 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>