More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1662 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  92.14 
 
 
522 aa  897    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.86 
 
 
634 aa  678    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  73.37 
 
 
574 aa  682    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  90.87 
 
 
522 aa  908    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  88.73 
 
 
515 aa  837    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  75.86 
 
 
634 aa  677    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  76.08 
 
 
634 aa  679    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  90.57 
 
 
521 aa  912    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  96.15 
 
 
532 aa  928    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  90.87 
 
 
522 aa  908    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
536 aa  1052    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.35 
 
 
535 aa  630  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  69.1 
 
 
498 aa  591  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  67.84 
 
 
511 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.35 
 
 
497 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.85 
 
 
488 aa  485  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.43 
 
 
487 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.69 
 
 
488 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.4 
 
 
532 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.77 
 
 
483 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.54 
 
 
506 aa  292  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.43 
 
 
510 aa  291  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.77 
 
 
421 aa  282  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.86 
 
 
579 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.02 
 
 
513 aa  270  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.54 
 
 
579 aa  270  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  40.61 
 
 
480 aa  266  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.31 
 
 
523 aa  264  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.17 
 
 
488 aa  256  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.7 
 
 
557 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  39.79 
 
 
501 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.85 
 
 
500 aa  250  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.65 
 
 
496 aa  249  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.11 
 
 
514 aa  247  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  36.25 
 
 
511 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  36.32 
 
 
520 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.96 
 
 
502 aa  240  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.47 
 
 
484 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.12 
 
 
498 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
503 aa  231  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.89 
 
 
501 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.37 
 
 
505 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.37 
 
 
505 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.56 
 
 
515 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.56 
 
 
515 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.45 
 
 
495 aa  228  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.24 
 
 
495 aa  227  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.24 
 
 
495 aa  227  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.24 
 
 
495 aa  227  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.34 
 
 
505 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
511 aa  225  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.34 
 
 
484 aa  225  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  33.05 
 
 
504 aa  224  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.24 
 
 
491 aa  223  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.94 
 
 
498 aa  220  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  36.92 
 
 
485 aa  219  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.77 
 
 
551 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.53 
 
 
496 aa  217  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.95 
 
 
493 aa  217  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  36.94 
 
 
494 aa  216  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.95 
 
 
491 aa  216  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.95 
 
 
491 aa  216  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  36.94 
 
 
494 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
478 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  33.19 
 
 
518 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.44 
 
 
487 aa  212  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  36.94 
 
 
494 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.63 
 
 
494 aa  206  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  35.88 
 
 
482 aa  204  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.1 
 
 
480 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.78 
 
 
480 aa  204  5e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  37.65 
 
 
779 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.9 
 
 
505 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.66 
 
 
506 aa  189  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.39 
 
 
509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  31.48 
 
 
523 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.78 
 
 
511 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
511 aa  180  4.999999999999999e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.39 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  29.3 
 
 
543 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.55 
 
 
485 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.98 
 
 
496 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.98 
 
 
496 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.88 
 
 
484 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.88 
 
 
484 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0109  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.61 
 
 
519 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0108  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.61 
 
 
519 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.64 
 
 
482 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  32.96 
 
 
483 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.33 
 
 
511 aa  150  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1951  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.02 
 
 
480 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
511 aa  147  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.88 
 
 
481 aa  146  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
480 aa  146  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.93 
 
 
496 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.04 
 
 
477 aa  144  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.5 
 
 
509 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.5 
 
 
500 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.98 
 
 
482 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28 
 
 
511 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>