More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2531 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  92.58 
 
 
505 aa  840    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  98.76 
 
 
505 aa  959    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
484 aa  969    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  92.58 
 
 
505 aa  840    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  69.83 
 
 
518 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  51.9 
 
 
511 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  53.46 
 
 
485 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
510 aa  419  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.72 
 
 
511 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  48.31 
 
 
523 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.25 
 
 
502 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.67 
 
 
511 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.23 
 
 
557 aa  394  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  47.81 
 
 
543 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.2 
 
 
483 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.02 
 
 
509 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  45.38 
 
 
520 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.52 
 
 
532 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.63 
 
 
551 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.86 
 
 
513 aa  372  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.64 
 
 
506 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.12 
 
 
522 aa  355  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.53 
 
 
480 aa  351  1e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.28 
 
 
505 aa  347  3e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.86 
 
 
488 aa  342  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  48.08 
 
 
482 aa  336  5e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.69 
 
 
523 aa  323  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.34 
 
 
480 aa  322  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  42.95 
 
 
480 aa  312  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  41.4 
 
 
501 aa  310  5e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.38 
 
 
579 aa  310  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.94 
 
 
500 aa  306  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.75 
 
 
579 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.97 
 
 
503 aa  300  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.68 
 
 
514 aa  287  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  38.05 
 
 
504 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.65 
 
 
421 aa  284  3.0000000000000004e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.17 
 
 
515 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.17 
 
 
515 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.07 
 
 
498 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.24 
 
 
496 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
478 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  270  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  270  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.95 
 
 
496 aa  270  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
495 aa  270  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.3 
 
 
491 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.7 
 
 
495 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.3 
 
 
491 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.64 
 
 
484 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.05 
 
 
487 aa  261  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.12 
 
 
494 aa  259  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.27 
 
 
491 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.17 
 
 
494 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  36.96 
 
 
494 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.23 
 
 
634 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.01 
 
 
634 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.01 
 
 
634 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.43 
 
 
498 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  37.8 
 
 
574 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
494 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.43 
 
 
501 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
493 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
515 aa  243  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.79 
 
 
497 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.59 
 
 
521 aa  234  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.42 
 
 
522 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.42 
 
 
532 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.8 
 
 
535 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
522 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.99 
 
 
522 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.61 
 
 
498 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
536 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  36.7 
 
 
779 aa  226  9e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.39 
 
 
511 aa  226  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
487 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.64 
 
 
506 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
488 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.12 
 
 
488 aa  206  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.52 
 
 
511 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0108  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.69 
 
 
519 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0109  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.69 
 
 
519 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.85 
 
 
482 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
485 aa  179  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.39 
 
 
496 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.56 
 
 
510 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.39 
 
 
496 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.56 
 
 
510 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.37 
 
 
487 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  25.61 
 
 
489 aa  174  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.36 
 
 
457 aa  171  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  25.41 
 
 
479 aa  171  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.43 
 
 
490 aa  170  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.42 
 
 
497 aa  170  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.24 
 
 
495 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
508 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.660078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
470 aa  166  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.56 
 
 
486 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
500 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 
500 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>