More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4555 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
491 aa  952    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
491 aa  952    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.75 
 
 
487 aa  501  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.09 
 
 
523 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.4 
 
 
498 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.64 
 
 
503 aa  410  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.59 
 
 
496 aa  411  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  51.93 
 
 
494 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  51.72 
 
 
494 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.55 
 
 
493 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  51.93 
 
 
494 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.22 
 
 
494 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  50.73 
 
 
779 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.74 
 
 
510 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  43.15 
 
 
511 aa  329  6e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.8 
 
 
506 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.52 
 
 
483 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  44.23 
 
 
501 aa  326  5e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 
511 aa  320  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.09 
 
 
532 aa  316  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  44.11 
 
 
480 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.55 
 
 
557 aa  300  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.14 
 
 
579 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.3 
 
 
551 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.83 
 
 
579 aa  296  5e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.21 
 
 
488 aa  296  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.4 
 
 
502 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.76 
 
 
511 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.38 
 
 
496 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.23 
 
 
421 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  38.05 
 
 
520 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.47 
 
 
513 aa  277  3e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  43.23 
 
 
485 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.13 
 
 
514 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  39.92 
 
 
518 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  39.7 
 
 
523 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
484 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  36.48 
 
 
504 aa  270  5e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  43.31 
 
 
482 aa  266  8e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.55 
 
 
500 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  37.97 
 
 
543 aa  259  8e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.96 
 
 
505 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.96 
 
 
505 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.77 
 
 
484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.77 
 
 
505 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.12 
 
 
495 aa  250  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.04 
 
 
501 aa  250  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.05 
 
 
480 aa  249  9e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.77 
 
 
495 aa  249  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.77 
 
 
495 aa  249  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.77 
 
 
495 aa  249  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.04 
 
 
498 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.8 
 
 
515 aa  246  6e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.8 
 
 
515 aa  246  6e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.16 
 
 
491 aa  239  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.76 
 
 
509 aa  238  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.14 
 
 
478 aa  237  5.0000000000000005e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.84 
 
 
505 aa  234  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.72 
 
 
634 aa  230  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
634 aa  229  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
634 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  37.5 
 
 
574 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.72 
 
 
485 aa  225  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
522 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.6 
 
 
522 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.37 
 
 
515 aa  219  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
521 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
522 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
532 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.92 
 
 
506 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.08 
 
 
480 aa  216  9e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.95 
 
 
536 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.02 
 
 
511 aa  211  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.68 
 
 
498 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.48 
 
 
522 aa  211  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.25 
 
 
535 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.59 
 
 
511 aa  211  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.62 
 
 
497 aa  189  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
488 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.1 
 
 
477 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.06 
 
 
504 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  32.29 
 
 
508 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
487 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.47 
 
 
481 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.42 
 
 
497 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35 
 
 
488 aa  170  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.61 
 
 
501 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.29 
 
 
501 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.29 
 
 
501 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.33 
 
 
511 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.85 
 
 
500 aa  167  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.31 
 
 
547 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
477 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
514 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.98 
 
 
511 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.87 
 
 
509 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.56 
 
 
486 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  27.93 
 
 
495 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
511 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 
493 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>