More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3688 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  96.81 
 
 
498 aa  799    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  86.32 
 
 
496 aa  768    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
501 aa  976    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  69.25 
 
 
484 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  51.46 
 
 
488 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  58.86 
 
 
480 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  56.22 
 
 
579 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
483 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  55.02 
 
 
579 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.45 
 
 
500 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.03 
 
 
510 aa  429  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.42 
 
 
506 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.23 
 
 
532 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.48 
 
 
421 aa  391  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.78 
 
 
523 aa  350  3e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  45.78 
 
 
501 aa  346  6e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.98 
 
 
514 aa  333  3e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  44.51 
 
 
511 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.4 
 
 
480 aa  326  6e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.85 
 
 
511 aa  323  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
513 aa  322  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  40.16 
 
 
520 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.26 
 
 
557 aa  312  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.83 
 
 
503 aa  311  1e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.67 
 
 
551 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  38.81 
 
 
504 aa  296  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.37 
 
 
511 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  44.68 
 
 
494 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  44.47 
 
 
494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.72 
 
 
498 aa  287  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.53 
 
 
496 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  44.47 
 
 
494 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.1 
 
 
487 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.79 
 
 
505 aa  279  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.84 
 
 
491 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.84 
 
 
491 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  42.34 
 
 
574 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
493 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.98 
 
 
505 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  39.4 
 
 
523 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.24 
 
 
634 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  42.03 
 
 
634 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.03 
 
 
634 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.55 
 
 
484 aa  270  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.31 
 
 
502 aa  269  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.51 
 
 
515 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.51 
 
 
515 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.25 
 
 
509 aa  268  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  45.41 
 
 
779 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
478 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.7 
 
 
495 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.7 
 
 
495 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.7 
 
 
495 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.22 
 
 
505 aa  259  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.22 
 
 
505 aa  259  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.26 
 
 
515 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.27 
 
 
495 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.49 
 
 
491 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  41.9 
 
 
485 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  37.05 
 
 
518 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.7 
 
 
494 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.04 
 
 
536 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.42 
 
 
498 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.03 
 
 
521 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.61 
 
 
532 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.75 
 
 
511 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.55 
 
 
535 aa  247  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
522 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.66 
 
 
522 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
522 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  42.62 
 
 
482 aa  244  3e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.99 
 
 
522 aa  238  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  35.91 
 
 
543 aa  238  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.67 
 
 
485 aa  236  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.53 
 
 
497 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.58 
 
 
506 aa  229  8e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.23 
 
 
487 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0868  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.08 
 
 
511 aa  224  4e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
488 aa  208  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.74 
 
 
480 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.93 
 
 
547 aa  206  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.44 
 
 
488 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.13 
 
 
496 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.13 
 
 
496 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
501 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.2 
 
 
508 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.660078 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.23 
 
 
509 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
521 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.08 
 
 
500 aa  192  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.77 
 
 
504 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.29 
 
 
481 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4291  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.37 
 
 
503 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.37 
 
 
503 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
457 aa  188  2e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
532 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.88 
 
 
486 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3226  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.85 
 
 
503 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303935  normal  0.0862047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.18 
 
 
500 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
488 aa  186  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  29.59 
 
 
512 aa  186  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>