More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0109 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0108  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
519 aa  1018    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0109  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
519 aa  1018    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.59 
 
 
506 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
513 aa  266  8e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.07 
 
 
532 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  35.98 
 
 
511 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0092  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38 
 
 
557 aa  247  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.45 
 
 
515 aa  246  6e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.45 
 
 
515 aa  246  6e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.58 
 
 
483 aa  246  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
511 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.91 
 
 
523 aa  238  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3370  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.97 
 
 
551 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0755058  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02376  putative outer membrane channel lipoprotein transmembrane  38.55 
 
 
485 aa  232  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.0665572 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.63 
 
 
511 aa  230  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.595948  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.3 
 
 
510 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2739  putative outer membrane efflux protein  34.92 
 
 
520 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.71 
 
 
488 aa  217  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.96 
 
 
579 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.89 
 
 
579 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5321  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZniC  32.43 
 
 
518 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.944742 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.28 
 
 
501 aa  209  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5889  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
496 aa  207  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.781684  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7008  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
493 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130004  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5589  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
498 aa  205  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  34.12 
 
 
480 aa  204  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.99 
 
 
505 aa  204  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1438  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
514 aa  203  8e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.63 
 
 
505 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2531  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.34 
 
 
484 aa  201  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.396658 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00707  cation efflux system protein  38.7 
 
 
482 aa  201  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.135104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.41 
 
 
502 aa  200  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.77 
 
 
496 aa  199  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.1 
 
 
505 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.714759  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2946  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.1 
 
 
505 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3299  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.86 
 
 
509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1031  ABC-type export system, outer membrane channel protein  34.55 
 
 
494 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1502  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.99 
 
 
503 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.707138  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2623  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.55 
 
 
494 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1544  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  33.47 
 
 
543 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280658  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1722  ABC efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.01 
 
 
421 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.248885  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.81 
 
 
500 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.31 
 
 
484 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2766  outer membrane lipoprotein  34.34 
 
 
494 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.219926  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2105  Outer membrane protein  33.81 
 
 
574 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275801  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2874  putative outer membrane protein  31.96 
 
 
504 aa  187  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
497 aa  186  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196651  normal  0.750838 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
634 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0952  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
634 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2164  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
634 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4422  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.16 
 
 
491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.800929  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.16 
 
 
491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163677  normal  0.0686042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3468  putative outer membrane lipoprotein (NodT-like), RND efflux system  31.7 
 
 
523 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852484  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
480 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1518  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.38 
 
 
515 aa  182  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2751  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.1 
 
 
480 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124285  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
494 aa  178  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0433676  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1244  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.18 
 
 
478 aa  177  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
532 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49733  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1754  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
522 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1915  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
495 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
522 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3847  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
495 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6338  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
522 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3830  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
495 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5037  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1255  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.24 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685984  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.13 
 
 
536 aa  174  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569362  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1225  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
487 aa  174  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422386  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.41 
 
 
506 aa  173  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352161  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.66 
 
 
498 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1966  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
498 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391464  decreased coverage  0.00633944 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.45 
 
 
457 aa  172  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.2 
 
 
501 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2681  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.96 
 
 
491 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3537  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.83 
 
 
487 aa  170  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944145  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.46 
 
 
485 aa  170  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157343  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.74 
 
 
482 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2294  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
511 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.703327  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1320  ABC-type export system, outer membrane channel protein  34.27 
 
 
779 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2287  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
535 aa  167  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469139  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.06 
 
 
459 aa  167  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.28 
 
 
464 aa  166  9e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.57 
 
 
497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.58 
 
 
521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.74 
 
 
486 aa  163  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5800  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
488 aa  162  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583861 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2910  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.21 
 
 
522 aa  161  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.95 
 
 
494 aa  160  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.35 
 
 
504 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  27.16 
 
 
489 aa  160  7e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.1 
 
 
475 aa  159  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.58 
 
 
569 aa  159  9e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  26.95 
 
 
479 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.78 
 
 
511 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0955  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.02 
 
 
472 aa  158  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5276  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 
488 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0692924  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0987  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.22 
 
 
477 aa  158  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0863  RND efflux system, drug efflux transporter, outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
477 aa  158  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.353434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
488 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>