More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4327 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4327  putative short chain dehydrogenase  100 
 
 
140 aa  277  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  54.46 
 
 
245 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  52.48 
 
 
245 aa  104  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.73 
 
 
238 aa  92  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
238 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
237 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00951861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
237 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.129059  normal  0.0371904 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
248 aa  84  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 
241 aa  83.6  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3511  short chain dehydrogenase  48.86 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  50 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  50 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  50 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5080  short chain dehydrogenase  49.5 
 
 
240 aa  82  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  48.86 
 
 
204 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  44.32 
 
 
222 aa  80.9  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  44 
 
 
236 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
238 aa  80.9  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
243 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
238 aa  79.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  44.32 
 
 
237 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
234 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.48 
 
 
245 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3239  short chain dehydrogenase  42.39 
 
 
245 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.161967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  42.39 
 
 
238 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3131  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
250 aa  77  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.351639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
270 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
245 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3326  short chain dehydrogenase  45.95 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  46.59 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  47.73 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.19 
 
 
239 aa  75.1  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
246 aa  73.6  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
205 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
248 aa  68.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
257 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.429705  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
257 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.30491  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.35 
 
 
286 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.69 
 
 
255 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
244 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
251 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
260 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  44.83 
 
 
260 aa  64.3  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
286 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
286 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
323 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
259 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.25 
 
 
249 aa  63.5  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
260 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
231 aa  62.8  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.268207  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0380  ATPase  43.96 
 
 
246 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.647768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
260 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
249 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0348  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
244 aa  61.2  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.708158  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0620  hypothetical protein  43.01 
 
 
246 aa  61.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.94 
 
 
250 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
249 aa  60.8  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
238 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 
252 aa  60.1  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
241 aa  59.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
246 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
255 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0228145  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
249 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  37 
 
 
250 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2305  hypothetical protein  39.78 
 
 
246 aa  58.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  38.95 
 
 
248 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
236 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1360  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.83 
 
 
243 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000468393  normal  0.0479743 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
246 aa  59.3  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07016  oxidoreductase  37.78 
 
 
256 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3065  acetoacetyl-CoA reductase  42.86 
 
 
247 aa  58.2  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000577101  normal  0.0493909 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
238 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.57 
 
 
246 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
255 aa  58.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
264 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.473895  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0313  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.62 
 
 
243 aa  58.2  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
248 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.57 
 
 
246 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
261 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
284 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0603  hypothetical protein  41.94 
 
 
246 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.63 
 
 
249 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.65 
 
 
246 aa  58.2  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
250 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
255 aa  57.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000312486  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
238 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>