More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6155 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.30491  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.429705  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.16 
 
 
257 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
264 aa  314  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.473895  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
261 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224503  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
256 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
256 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0826034  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4263  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  55.86 
 
 
257 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
255 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
256 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
256 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.210768 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
256 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
255 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000312486  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
250 aa  295  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.443482  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0824  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.03 
 
 
255 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.394944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
260 aa  288  6e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
260 aa  288  9e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
260 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1363  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.65 
 
 
263 aa  285  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.47 
 
 
260 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
254 aa  267  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2080  hypothetical protein  54.26 
 
 
254 aa  264  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07016  oxidoreductase  53.01 
 
 
256 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2070  hypothetical protein  54.44 
 
 
254 aa  261  6e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
256 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.92 
 
 
257 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
255 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
253 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
265 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
257 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  144  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
284 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
257 aa  143  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
239 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
258 aa  142  7e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
261 aa  139  6e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
256 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 
237 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
299 aa  137  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
263 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
249 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
262 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
259 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
250 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
269 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
237 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
250 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.99 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  33.06 
 
 
267 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  34.4 
 
 
242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
257 aa  128  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
257 aa  128  8.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  31.68 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.743298  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.13 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
252 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
260 aa  126  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
245 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  32.55 
 
 
258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
255 aa  125  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
236 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
263 aa  125  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
245 aa  125  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  125  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
248 aa  125  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  32.16 
 
 
276 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
244 aa  125  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  32.16 
 
 
276 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  32.16 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  32.16 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
250 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  32.16 
 
 
258 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
258 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
260 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
249 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
272 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>