More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5843 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.86 
 
 
262 aa  259  4e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0318564  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
268 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
266 aa  224  9e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000526062 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
271 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  42.58 
 
 
258 aa  182  6e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
291 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
260 aa  170  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
256 aa  165  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
250 aa  162  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
248 aa  161  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
246 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
255 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
263 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0053445  hitchhiker  0.00000000168997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
252 aa  159  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.76 
 
 
246 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
257 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.76 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
251 aa  155  9e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
249 aa  154  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
251 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
252 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
249 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
252 aa  152  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
263 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
263 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
250 aa  149  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
258 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
257 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.711608  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
261 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
250 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
256 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.19 
 
 
248 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01741  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.63 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
282 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  35.97 
 
 
256 aa  144  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
261 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.51 
 
 
247 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
250 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000715788  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
249 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
269 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
248 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
252 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
256 aa  143  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
251 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
260 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1689  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
250 aa  143  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.810496  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.86 
 
 
249 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
272 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
246 aa  143  3e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
251 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.65 
 
 
250 aa  142  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
260 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 
257 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
271 aa  142  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
277 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8214  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
248 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.5 
 
 
302 aa  142  5e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
248 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
255 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  142  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
250 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
263 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1175  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
241 aa  141  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.267366  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
256 aa  141  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.32 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
260 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
253 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.66 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>