More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3002 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_3002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
266 aa  524  1e-148  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000526062 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
268 aa  278  6e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
261 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
262 aa  223  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0318564  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
271 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  41.54 
 
 
258 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
291 aa  176  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
253 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
257 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
256 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  38.58 
 
 
277 aa  155  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
250 aa  155  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000715788  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
250 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
251 aa  151  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  39.11 
 
 
252 aa  149  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  34.66 
 
 
272 aa  149  5e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
250 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.6 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01741  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.57 
 
 
273 aa  146  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
260 aa  145  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.2 
 
 
252 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
262 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
256 aa  145  9e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6322  putative short-chain dehydrogenase  35.41 
 
 
252 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
249 aa  144  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72840  putative short-chain dehydrogenase  35.41 
 
 
252 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 
268 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
255 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
250 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
258 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  142  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
246 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
252 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
249 aa  140  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
266 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
249 aa  139  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
252 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
256 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
241 aa  138  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
261 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 
251 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  36.4 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.04 
 
 
299 aa  137  1e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
253 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
263 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
263 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
263 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.95 
 
 
255 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
263 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
252 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
287 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
263 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
255 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.8 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.13 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.27 
 
 
251 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
248 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  36 
 
 
263 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1175  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.02 
 
 
241 aa  135  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.267366  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
253 aa  135  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
254 aa  135  5e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.8 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
269 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
266 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
257 aa  135  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
255 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
257 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.795595  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.33 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
246 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
257 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>