More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1175 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1175  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
241 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.267366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
250 aa  332  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000715788  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01741  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  61.63 
 
 
273 aa  305  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  40.98 
 
 
258 aa  175  5e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
271 aa  161  8.000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
254 aa  159  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
257 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  36.9 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
263 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.54 
 
 
247 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
263 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
263 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  149  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
247 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  149  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
263 aa  148  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.72 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
254 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
260 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.86 
 
 
260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
257 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.69 
 
 
252 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
236 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.433499  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
256 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
266 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
246 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
239 aa  142  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.68 
 
 
252 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
261 aa  141  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.38 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.52 
 
 
246 aa  139  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
250 aa  139  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
250 aa  139  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
269 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  34.02 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  34.02 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.52 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1628  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
251 aa  138  6e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0370  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
257 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1215  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
257 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0047  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
257 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1058  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
255 aa  138  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0215  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
255 aa  138  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1715  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
255 aa  138  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  138  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
255 aa  138  7.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
244 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
244 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
249 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.92 
 
 
247 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.92 
 
 
247 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
256 aa  137  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
253 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
257 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
268 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
254 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.311135  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.23 
 
 
247 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
266 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.3 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
266 aa  135  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000526062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
252 aa  135  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
250 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  34.02 
 
 
256 aa  135  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.92 
 
 
247 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
244 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
274 aa  134  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1624  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  32.79 
 
 
252 aa  134  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>