More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0880 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  494  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  58 
 
 
246 aa  289  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
246 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  58 
 
 
246 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
244 aa  286  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
250 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
247 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
247 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
246 aa  279  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  58.4 
 
 
247 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
246 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
246 aa  275  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.64 
 
 
247 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
254 aa  271  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
254 aa  271  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0642  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.45 
 
 
247 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1785  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.45 
 
 
247 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0823  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.45 
 
 
247 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
244 aa  268  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
251 aa  267  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2375  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.04 
 
 
247 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.388212  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1159  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.04 
 
 
247 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
254 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428545  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
247 aa  262  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
244 aa  262  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248002  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
254 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
254 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
254 aa  261  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1082  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.64 
 
 
247 aa  261  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.175949  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
244 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
244 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
254 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 
252 aa  258  8e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
244 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
253 aa  251  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
248 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
244 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
248 aa  248  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
247 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
244 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0497593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
242 aa  241  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0353846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
244 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  53.01 
 
 
256 aa  241  9e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5692  oxidoreductase  53.66 
 
 
244 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.07 
 
 
266 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
243 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
244 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10023 
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.42 
 
 
244 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.42 
 
 
244 aa  236  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.335692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0174  short-chain dehydrogenase  54.22 
 
 
246 aa  234  9e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3256  malate/L-lactate dehydrogenase  49.59 
 
 
247 aa  232  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0180309  normal  0.2268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
261 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
244 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
244 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3550  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.66 
 
 
244 aa  224  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652114  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
236 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  52.26 
 
 
236 aa  218  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
258 aa  166  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
263 aa  161  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
263 aa  161  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
263 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
255 aa  159  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631303 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
263 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  38.98 
 
 
263 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
249 aa  158  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
246 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  156  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
246 aa  155  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
257 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
246 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 
253 aa  153  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
251 aa  153  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
257 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
263 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
239 aa  152  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
253 aa  152  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
263 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
263 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
263 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
262 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
263 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.82 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2554  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
244 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.3114e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1214  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
244 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193485  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
244 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000339194  hitchhiker  0.00000190522 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2034  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
244 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>