More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1988 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  531  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.73 
 
 
257 aa  357  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
257 aa  357  9.999999999999999e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.57 
 
 
254 aa  345  3e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.28 
 
 
254 aa  340  2e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.311135  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
254 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
258 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
251 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
251 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
252 aa  176  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
272 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
250 aa  176  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38 
 
 
255 aa  171  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
252 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
252 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  169  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
255 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
244 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
255 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
247 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
252 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
251 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.89 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
247 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
249 aa  163  3e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
244 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  0.122144 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
243 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
249 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  160  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
251 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
263 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
263 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
263 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
263 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
263 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
241 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.43 
 
 
244 aa  159  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.550186  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.43 
 
 
244 aa  159  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.117254  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.86 
 
 
245 aa  159  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
253 aa  158  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
246 aa  158  9e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
271 aa  158  9e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
252 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
246 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
245 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
257 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
245 aa  156  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
276 aa  156  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
244 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
246 aa  155  4e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
254 aa  155  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.572061  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
251 aa  155  7e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
252 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
252 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
249 aa  154  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1466  short-chain alcohol dehydrogenase  38.98 
 
 
267 aa  153  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137862  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
263 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.74 
 
 
256 aa  154  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
255 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  153  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
253 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
250 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
246 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
255 aa  152  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
253 aa  152  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
254 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1604  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.55 
 
 
247 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
266 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
247 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
282 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
251 aa  152  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
263 aa  151  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
245 aa  151  8e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  151  8e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  33.86 
 
 
263 aa  151  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
251 aa  151  8.999999999999999e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>