More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1258 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  495  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
260 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
263 aa  231  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
269 aa  230  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
263 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.23 
 
 
276 aa  226  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
263 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
274 aa  223  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
267 aa  223  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  51.21 
 
 
261 aa  219  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
263 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
265 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
246 aa  168  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.21 
 
 
247 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 
241 aa  165  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.4 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
265 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
262 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
255 aa  160  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
252 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
255 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
261 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
249 aa  159  3e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
250 aa  159  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
255 aa  158  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
256 aa  158  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
259 aa  158  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  35.02 
 
 
266 aa  158  9e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1961  putative glucose 1-dehydrogenase  41.32 
 
 
254 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.536357  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.3 
 
 
247 aa  157  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2039  glucose 1-dehydrogenase, putative  40.91 
 
 
254 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0380824  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
244 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 
254 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
282 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
257 aa  156  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  36.21 
 
 
255 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
257 aa  156  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
275 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
282 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
252 aa  156  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
282 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  42.74 
 
 
516 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 
257 aa  155  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
246 aa  155  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
247 aa  155  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
274 aa  155  7e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  155  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 
249 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.84 
 
 
246 aa  155  8e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.48 
 
 
247 aa  154  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.62 
 
 
253 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
256 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
256 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
256 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
255 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000603  putative 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  40.08 
 
 
239 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0031423  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
259 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  37.04 
 
 
261 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
258 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
254 aa  153  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  152  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
257 aa  152  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.43 
 
 
246 aa  152  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
264 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0960385  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
255 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  41.32 
 
 
257 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.89 
 
 
250 aa  152  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  41.32 
 
 
257 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  41.32 
 
 
257 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
252 aa  151  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
276 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
251 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
254 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06461  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  39 
 
 
239 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
252 aa  150  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167955  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.59 
 
 
245 aa  151  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
264 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
253 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
258 aa  150  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
299 aa  150  1e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
247 aa  151  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  150  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
252 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
255 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
272 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
253 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
260 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
258 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00311801  normal  0.334735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2420  gluconate dehydrogenase  39.51 
 
 
253 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406064  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
267 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
259 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
256 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
256 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>