More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1982 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.473895  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.62 
 
 
261 aa  424  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224503  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
257 aa  315  5e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
257 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.30491  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
257 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.429705  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.71 
 
 
256 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0826034  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.33 
 
 
256 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
256 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
256 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.210768 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
256 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4263  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  50.98 
 
 
257 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
255 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000312486  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 
260 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 
260 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 
260 aa  248  6e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 
260 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0824  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.41 
 
 
255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.394944  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
250 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.443482  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1363  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.27 
 
 
263 aa  235  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07016  oxidoreductase  46.4 
 
 
256 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
257 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2070  hypothetical protein  42.57 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2080  hypothetical protein  42.17 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
255 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
269 aa  142  7e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
249 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
244 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.2 
 
 
253 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
265 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.2 
 
 
253 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
262 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
260 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
249 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.77933  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
275 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
259 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
254 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
239 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  34.83 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
252 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
254 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.55 
 
 
248 aa  130  3e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
241 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  32.42 
 
 
266 aa  128  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
299 aa  128  9.000000000000001e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.94 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  33.72 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
275 aa  126  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.240969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
263 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.25 
 
 
245 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.63 
 
 
246 aa  126  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.120513 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.75 
 
 
250 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
236 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
257 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
249 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0450975 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.75 
 
 
250 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
261 aa  125  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
246 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.55 
 
 
246 aa  125  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
244 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
236 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
247 aa  125  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
251 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
236 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.41 
 
 
245 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
244 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.626733  normal  0.253561 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
258 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.98 
 
 
248 aa  125  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
263 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0745  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  33.2 
 
 
245 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451524  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  123  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
249 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  31.66 
 
 
255 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
245 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
236 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
248 aa  124  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>