77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03897 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_0598  cellulase  72.44 
 
 		 628 aa  700    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.120048  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03897  exoglucanase A  100 
 
 		 572 aa  1176    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.216755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04176  exoglucanase A  68.78 
 
 		 548 aa  669    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0553  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  73.33 
 
 		 639 aa  715    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  55.29 
 
 		 623 aa  517  1.0000000000000001e-145  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1150  glycoside hydrolase family 6  57.05 
 
 		 655 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0901469  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1896  1, 4-beta cellobiohydrolase  53 
 
 		 646 aa  479  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.776414 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  54.79 
 
 		 1209 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2136  glycoside hydrolase family protein  46.72 
 
 		 1128 aa  451  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6890  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)- like protein  51.28 
 
 		 767 aa  439  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6683  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  51.72 
 
 		 633 aa  431  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.918543  normal  0.93944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2656  family 6 glycoside hydrolase  49.53 
 
 		 611 aa  414  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  48.49 
 
 		 791 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  48.84 
 
 		 743 aa  396  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2947  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  46.01 
 
 		 452 aa  378  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000458427  hitchhiker  0.00017321 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0620  cellobiohydrolase  46.09 
 
 		 596 aa  372  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.250178  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2449  1, 4-beta cellobiohydrolase  46.19 
 
 		 590 aa  372  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3519  1, 4-beta cellobiohydrolase  45.96 
 
 		 588 aa  371  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3602  glycoside hydrolase family protein  46.56 
 
 		 620 aa  365  1e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.438732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2191  glycoside hydrolase family 6  46.38 
 
 		 605 aa  363  4e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3983  glycoside hydrolase family protein  45.91 
 
 		 589 aa  361  2e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.000432599  normal  0.0119912 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01273  cellobiohydrolase (nonreducing end) (Eurofung)  33.03 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.951317 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05282  Beta-1,4-glucan-cellobiohydrolyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS7]  33.73 
 
 		 450 aa  186  1.0000000000000001e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1953  cellulase  54.22 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.253499  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2102  cellulase  48.78 
 
 		 496 aa  93.2  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104361  normal  0.672639 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04151  major extracellular endoglucanase  48.19 
 
 		 480 aa  88.2  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3501  cellulase  24.87 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.724652  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1738  glycoside hydrolase family 6  27.64 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304195  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01440  cellobiohydrolase A (1,4-beta-cellobiosidase A)  24.28 
 
 		 439 aa  79.7  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10061  cellulase celA1  27.1 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0549134  normal  0.652249 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4194  1, 4-beta cellobiohydrolase  28.6 
 
 		 437 aa  77.4  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0135  cellulase  27.27 
 
 		 469 aa  76.6  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0236  glycoside hydrolase family 6  24.56 
 
 		 501 aa  71.2  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7197  cellulase  24.11 
 
 		 393 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1003  cellulase  26.42 
 
 		 330 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3317  Protein of unknown function DUF1592  33.33 
 
 		 811 aa  67  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0474144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5837  cellulase  24.54 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4622  cellulase  23.22 
 
 		 870 aa  62.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3602  glycoside hydrolase family 6  25.06 
 
 		 434 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0359346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5301  cellulase  25.8 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.104046  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5680  cellulase  25.8 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5390  cellulase  25.8 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.217743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3396  rare lipoprotein A  32.61 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160784 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4617  cellulase  24.84 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0016  glycoside hydrolase family 9  39.44 
 
 		 990 aa  57.8  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.114686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6407  Cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)- like protein  25 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0259803 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2912  1, 4-beta cellobiohydrolase  26.67 
 
 		 491 aa  57.8  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.426935 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  35.71 
 
 		 1186 aa  55.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3146  glycoside hydrolase family 6  26.26 
 
 		 459 aa  55.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  43.66 
 
 		 598 aa  55.1  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2166  Cellulase  26.14 
 
 		 465 aa  55.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2132  Cellulase  24.43 
 
 		 394 aa  54.7  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6555  glycoside hydrolase family 6  25.89 
 
 		 487 aa  53.5  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123763  normal  0.307137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2048  cellulose-binding family II  35.42 
 
 		 679 aa  53.5  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0234  1, 4-beta cellobiohydrolase  25.52 
 
 		 422 aa  53.1  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1897  glycoside hydrolase family 5  40 
 
 		 597 aa  53.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.754177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3435  glycoside hydrolase family 9  29.2 
 
 		 794 aa  50.8  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.019722  normal  0.0493729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6973  cellulose-binding family II  32.38 
 
 		 1007 aa  50.4  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3907  endoglucanase  23.47 
 
 		 323 aa  50.4  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.174721 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2830  family 6 glycoside hydrolase  24.42 
 
 		 456 aa  49.7  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.426426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6330  Cellulase  23.93 
 
 		 326 aa  49.3  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.708114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  33.71 
 
 		 466 aa  48.9  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2131  Cellulase  23.16 
 
 		 350 aa  48.1  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1627  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  33.61 
 
 		 998 aa  48.1  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.234171  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0538  glycoside hydrolase family 6  25.58 
 
 		 446 aa  47.8  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.448554 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1657  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 		 495 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0958307  normal  0.376991 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2176  endoglucanase  33.33 
 
 		 880 aa  46.6  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0658592  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  36.84 
 
 		 775 aa  46.2  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  29.66 
 
 		 846 aa  45.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0518  Cellulase  22.9 
 
 		 371 aa  45.8  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2448  glycoside hydrolase family 48  37.33 
 
 		 894 aa  45.4  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0049  cellulose-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 740 aa  45.4  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3105  glycoside hydrolase family 48  38.03 
 
 		 854 aa  44.7  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0252708  hitchhiker  0.000502295 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3420  thiamine-monophosphate kinase  31.4 
 
 		 725 aa  44.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0210167 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  36.62 
 
 		 690 aa  44.3  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  34.57 
 
 		 925 aa  43.9  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1666  cellulose-binding family II protein  31.96 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000449243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>